Après qu'une étrange lumière ait pétrifié l'humanité en un instant, des millénaires s'écoulent sans aucune trace de civilisation. Taiju, un lycéen déterminé, se réveille enfin de sa prison de pierre et découvre un monde sauvage, figé dans le temps. Il retrouve bientôt son ami génie, Senku, qui nourrit un rêve ambitieux : reconstruire la civilisation à partir de rien grâce à la science. Ensemble, ils entament une aventure épique pour faire renaître l’humanité, un progrès à la fois.