Les Kaiju, terrifiants monstres géants, surgissent sans prévenir et menacent régulièrement la population japonaise. Face à cette menace devenue presque banale, les Forces de Défense sont chargées de les éliminer. Kafka Hibino, qui rêvait autrefois d’en faire partie, a fini par abandonner son rêve après plusieurs échecs aux examens. Désormais âgé de trente ans, il travaille dans une unité chargée du nettoyage des carcasses de Kaiju. Mais tout bascule lorsqu’une étrange créature pénètre son corps, le transformant en un être hybride surpuissant : mi-homme, mi-kaiju. Le voilà devenu "Kaiju n° 8", une entité hors norme qui pourrait bien bouleverser l’ordre établi…