Shita, jeune fille mystérieuse, est retenue prisonnière à bord d’un dirigeable par des hommes avides de découvrir le secret qu’elle détient. Lorsqu’une attaque de pirates du ciel éclate, elle tente de fuir, mais chute dans le vide. Son pendentif magique s’illumine alors et la fait doucement flotter dans les airs. C’est ainsi qu’elle croise la route de Pazu, un garçon intrépide travaillant à la mine, qui la recueille. Bientôt, Shita lui révèle son incroyable héritage : elle est la descendante des souverains de Laputa, la légendaire cité flottant dans le ciel…