Après la disparition tragique de sa mère dans un incendie, Mahito, un garçon de 11 ans, quitte Tokyo pour s’installer à la campagne, dans le village natal de celle-ci. Aux côtés de son père, il emménage dans un vieux manoir au cœur d’un vaste domaine. Là, il fait la rencontre d’un mystérieux héron cendré, qui devient peu à peu son guide. À travers cette relation singulière, Mahito entreprend un voyage initiatique fait de découvertes, de mystères et de questionnements sur le sens de la vie.