Mononoke suit les pas d’un mystérieux apothicaire itinérant, expert en phénomènes surnaturels. Pour exorciser les Mononoké, des esprits vengeurs, il doit d’abord découvrir leur Forme, leur Vérité et leur Raison d’être. Chaque rencontre devient alors une enquête psychologique et spirituelle, mêlant horreur, beauté et mystère.