Miharu Rokujo semble être un garçon ordinaire, mais il porte en lui un pouvoir scellé extrêmement puissant : le Shinrabansho, une technique secrète de Hijutsu. Le redoutable clan de ninjas "Kairoushuu" est à sa recherche, et il n’est pas le seul à convoiter ce pouvoir. Kumohira Thobari Durandal, Jounin et professeur d’anglais au collège Banten, encourage Miharu à rejoindre le club de ninja de l’établissement. Aux côtés de Kouichi Aizawa, fondateur du club, Miharu s’entraîne pour devenir un ninja redoutable, capable de se défendre et de prétendre au titre de Roi de Nabari dans le monde des shinobis. Bientôt rejoint par Shimizu Raimei, jeune samouraï venue renforcer sa protection, Miharu devra affronter des adversaires de plus en plus puissants, tandis que les mystères de son passé effacé menacent de refaire surface…