Deux ans et demi après avoir quitté Konoha, Naruto revient dans un monde où ses amis ont grandi et mûri. Aux côtés de Sakura, il se lance à la recherche de Sasuke, parti pour gagner en puissance, tandis que l’ombre inquiétante de l’Akatsuki plane sur leurs aventures, révélant des secrets et des dangers insoupçonnés.