Yato est un dieu mineur rêvant de devenir la divinité la plus vénérée du pays, avec son temple et ses cérémonies, et exauce n’importe quelle demande… pour 5 yens. Lors d’une mission, il est sauvé d’un accident par Hiyori Iki, une lycéenne dont l’âme se sépare de son corps lorsqu’elle s’endort. Pour retrouver son état normal, Hiyori demande l’aide de Yato. Sa situation lui permet alors de découvrir le monde des esprits, fascinant mais dangereux.