L’histoire commence dans Yggdrasil, le jeu en ligne le plus populaire du moment, sur le point de fermer ses serveurs à minuit. Momonga, chef de guilde, décide de rester connecté jusqu’au dernier instant. Mais lorsque l’heure fatidique arrive, il se retrouve toujours dans le jeu… sauf que ce n’est plus un simple univers virtuel : les commandes ont disparu et les PNJ agissent désormais comme de véritables êtres vivants. Perdu mais déterminé, Momonga prend alors une décision : régner sur ce nouveau monde aux côtés de ses puissants Gardiens, et graver son nom dans la légende.