Ayato Kamina, 17 ans, mène une vie ordinaire à Tokyo... jusqu’au jour où il rencontre la mystérieuse Reika Mishima. Guidé par elle, il découvre Xephon, un mecha gigantesque auquel il est mystérieusement lié. Peu après, sa réalité s’effondre : sa mère a le sang bleu, et Tokyo, en vérité, n’est qu’un monde isolé nommé Tokyo Jupiter, contrôlé par les Muliens — des ennemis de l’humanité. Pris entre manipulations militaires et intrigues muliennes, Ayato devra choisir son propre chemin dans un monde qui n’a plus rien de familier.