Lain, une lycéenne introvertie et mystérieuse, mène une vie en retrait jusqu’au jour où une camarade de classe se suicide. Peu après, les élèves y compris Lain commencent à recevoir d’étranges e-mails signés de la défunte. Intriguée, Lain se connecte au réseau et découvre un message affirmant qu’elle a rencontré Dieu en ligne. Commence alors pour elle un voyage déroutant dans l’univers des hackers et du cyberespace, à la frontière entre réalité et virtualité, à la recherche de Dieu… et de sa propre identité.