Dans un monde où les clans ninjas Iga et Koga s’affrontent dans l’ombre depuis des générations, Ichiji Sakuraba mène une vie de lycéen ordinaire, convaincu que les ninjas ne sont que des mythes. Tout change lorsqu’il est attaqué par le clan Koga et découvre qu’il est l’héritier du clan Iga. Sa vie paisible laisse place à une lutte pour sa survie au cœur d’une guerre millénaire.