L’histoire débute dans un paisible restaurant en bord de mer, où débarque soudainement une étrange créature venue des profondeurs : Ika Musume, une fille-calamard déterminée à punir l’humanité pour avoir souillé les océans. Son objectif ? Conquérir la Terre, en commençant par s’installer dans le premier restaurant qu’elle trouve, qu’elle prévoit de transformer en base d’opérations. Mais ses ambitions prennent rapidement un coup lorsqu’elle fait la connaissance des gérantes du lieu : Eiko, au tempérament bien trempé, et Chizuru, aussi douce que redoutable. Entre maladresses, incompréhensions et déboires comiques, Ika Musume découvre que conquérir le monde est bien plus difficile que prévu… surtout quand on se fait enrôler comme simple serveuse !