Suzume, 17 ans, mène une vie paisible dans une petite ville de l’île de Kyushu. Un matin, elle croise la route d’un mystérieux voyageur en quête d’une porte. Poussée par la curiosité, elle le suit jusqu’à d’anciennes ruines où se dresse, étrangement intacte, une porte solitaire au milieu des décombres. Fascinée, Suzume s’en approche… et, en l’ouvrant, libère malgré elle une force invisible. Partout au Japon, d’autres portails surgissent, entraînant des catastrophes naturelles. Pour refermer ces portes et empêcher le désastre, Suzume se lance alors dans un voyage qui bouleversera à jamais son destin.