À l’époque troublée du Japon féodal, un ronin solitaire nommé Nanashi sauve un jeune orphelin, Kotarou, et son fidèle chien Tobimaru, près d’un temple abandonné. En échange de quelques pièces, le garçon engage Nanashi pour protéger son compagnon blessé. Mais ce qui semblait n’être qu’un simple service devient vite une fuite désespérée : Kotarou est traqué par une mystérieuse milice venue de Chine, agissant sous les ordres de l’énigmatique Byakuran. Ainsi débute un périlleux voyage, rythmé par les combats et les révélations…