Quatorze ans après la catastrophe mondiale connue sous le nom de « Hammer of Eden », qui a anéanti 90 % des terres émergées et causé la mort de milliards d’êtres humains, le monde tente de se reconstruire sous l’autorité des Nouvelles Nations Unies. Face à un avenir incertain, leur secrétaire générale, Aoi, appelle à une coopération globale pour préserver ce qu’il reste de l’humanité. Dans la ville de Yabitsu, Keel, un jeune garçon au tempérament rebelle, passe du temps avec son amie Isla, enceinte, lorsque leur quotidien bascule brutalement. Surgissant des profondeurs, le sous-marin nucléaire Ulysse, dirigé par le mystérieux Gould, déclare la guerre à l’humanité, convaincu de son incapacité à changer. Alors que la ville est plongée dans le chaos et que l’évacuation est lancée, Isla est prise de violentes contractions. Au cœur de cette situation désespérée, un jeune homme nommé Teen, membre de l’équipage de l’Ulysse, décide de braver les ordres pour leur venir en aide. En les aidant à fuir et en leur confiant son insigne, il leur offre une chance de survie… au prix d’un acte lourd de conséquences.