Arata Kasuga est un lycéen ordinaire qui mène une vie paisible avec sa cousine Hijiri. Mais tout bascule le jour où un étrange phénomène se produit : le soleil et la lune deviennent noirs, et Hijiri disparaît, aspirée par une force inconnue. Désemparé, Arata se retrouve soudainement confronté à une mystérieuse jeune femme nommée Lilith, qui lui révèle que le monde dans lequel il vit actuellement est une illusion qu’il a inconsciemment créée grâce à un puissant Grimoire laissé par Hijiri.
Lilith, professeure à l’Académie Magicus, est chargée de récupérer ce Grimoire, un artefact magique d’une puissance colossale. Elle donne alors à Arata deux choix : remettre le Grimoire ou mourir. Refusant ces options, Arata décide de rejoindre l’Académie pour devenir magicien, maîtriser la magie et retrouver sa cousine disparue. Il intègre ainsi un univers peuplé de puissants mages et de secrets anciens, où il devra faire face à de nombreux défis pour percer la vérité sur le "Soleil Noir" et sauver Hijiri.